Remove by products in Synthesizer

Hi,





How can we remove the second products (By products) from the Result in Synthesizer?


I am running the File mode, i need only the main product, how can i do that?





achuz

Hi,





See this Synthesizer example.





After running the

Code:

synthesize f -n syn -c Synthesizer.xml -s scaffold scaffold.smiles -s alkyne alkynes.smiles -s amine amines.smiles -s carboxylic-acid carboxylic-acids.smiles -f smiles -m

command the synthesis sets can be found in the syn subdirectory:

Code:

$ ls -l syn total 28 -rw-r--r-- 1 moha users   99 2007-11-13 08:54 alkyne -rw-r--r-- 1 moha users  100 2007-11-13 08:54 amine -rw-r--r-- 1 moha users  118 2007-11-13 08:54 carboxylic-acid -rw-r--r-- 1 moha users  477 2007-11-13 08:54 product1 -rw-r--r-- 1 moha users 1125 2007-11-13 08:54 product2 -rw-r--r-- 1 moha users  587 2007-11-13 08:54 RESULT -rw-r--r-- 1 moha users  131 2007-11-13 08:54 scaffold

The results can be found in the file named "RESULT":

Code:

$ cat syn/RESULT [H][C@]1(C2C(ON1Cc3ccc(cc3)C#CCCC)[C@@H]([C@@H]4O[C@@H]4[C@@]2([H])OC(=O)CCCl)C(=O)NC)C(=O)NC5CC5 2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;7;7;7;7;7;2;2;2;2;2;2;5;5;5;5; [H][C@]1(C2C(ON1Cc3ccc(cc3)C#CCCC)[C@@H]([C@@H]4O[C@@H]4[C@@]2([H])OC(=O)CCCl)C(=O)NC)C(=O)N[C@@H]5CCc6ccccc56 2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;7;7;7;7;7;2;2;2;2;2;2;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5; [H][C@]1(C2C(ON1Cc3ccc(cc3)C#CCN(C)Cc4ccccc4)[C@@H]([C@@H]5O[C@@H]5[C@@]2([H])OC(=O)CCCl)C(=O)NC)C(=O)NC6CC6 2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;7;7;7;7;7;2;2;2;2;2;2;5;5;5;5;

Sorry for the late answer.





Note: Synthesizer will not be supported after the JChem 5.0 release.





Regards,


Zsolt