E/Z and isotopes

ACE deals with isotopes in the following way: If a structure in a condition has an atom with a specific isotope, ACE requires that the response have that same isotope also for a match to occur; and, if a structure in a condition has an atom with no isotope specified, the response may specify an isotope there, and it will still match.





I have saved three structures into the database that differ only in their E/Z isomerism due to isotopic substitution (MOL files below). The JChem database search was able to distinguish these three structures, or I would not have been able to save the latter two after I saved the first one. However, when ACE compares any of these structures to the first one, it tells me they are identical. Is there a flag that we need to set to make sure that E/Z isomers due to isotopic substitution are treated as not equal?

Code:

Marvin  05110517042D   8  7  0  0  0  0            999 V2000    -3.6561    2.1687    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -4.3706    1.7562    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -4.3706    0.2749    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -3.6561   -0.1376    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -2.9417    0.2749    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -2.9417    1.7562    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -2.3583    2.3395    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -2.9604    1.0249    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0   1  2  1  0  0  0  0   1  6  2  0  0  0  0   2  3  2  0  0  0  0   3  4  1  0  0  0  0   4  5  2  0  0  0  0   6  7  1  0  0  0  0   5  8  1  0  0  0  0 M  ISO  2   7   2   8   2 M  END   Marvin  05110517052D   8  7  0  0  0  0            999 V2000    -3.6561    2.1687    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -4.3706    1.7562    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -4.3393    0.4625    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -3.6248    0.0500    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -2.9104    0.4625    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -2.9417    1.7562    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -2.1708    2.2145    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -2.0542   -0.0376    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0   1  2  1  0  0  0  0   1  6  2  0  0  0  0   2  3  2  0  0  0  0   3  4  1  0  0  0  0   4  5  2  0  0  0  0   6  7  1  0  0  0  0   5  8  1  0  0  0  0 M  ISO  2   7   2   8   2 M  END   Marvin  05110517052D   8  7  0  0  0  0            999 V2000    -3.6561    2.1687    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -4.3706    1.7562    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -4.3706   -0.1000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -3.6561   -0.5125    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -2.9417   -0.1000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -2.9417    1.7562    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -2.9208    0.9957    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -2.9604    0.6187    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0   1  2  1  0  0  0  0   1  6  2  0  0  0  0   2  3  2  0  0  0  0   3  4  1  0  0  0  0   4  5  2  0  0  0  0   6  7  1  0  0  0  0   5  8  1  0  0  0  0 M  ISO  2   7   2   8   2 M  END

Hi Bob,





There is an option which handles E/Z matching. Please check out method setDoubleBondStereoMatchingMode(int):





http://www.jchem.com/doc/api/chemaxon/sss/search/Search.html#setDoubleBondStereoMatchingMode(int)





This method is available both in MolSearch and JChemSearch. PERFECT matching (duplicate checking at insert) is using DBS_ALL. When E/Z configuration checking is needed for a double bond depending on the above option, isomers are also considered.





Please check the Query Guide for some additional information:


http://www.jchem.com/doc/user/Query.html#stereobond





Best Regards,


Szabolcs

I believe we are already using the setDoubleBondStereoMatchingMode method to compare responses with reference structures. If we weren't, then trans-2-butene would match to cis-2-butene, correct?





ACE doesn't match trans-2-butene to cis-2-butene, but it does match trans-1,2-dideuteroethene to cis-1,2-dideuteroethene. (On the other hand, it does not match a response of ethene to either trans- or cis-1,2-dideuteroethene.)





The question is, when setDoubleBondStereoMatchingMode is set to DBS_ALL, and setExactIsotopeMatching is false, will that create the behavior that I am reporting? Because I think in our database search, setExactIsotopeMatching = true, and in comparisons, setExactIsotopeMatching = false. If this is the case, there is a bug. Even with setExactIsotopeMatching = false, JChem should be able to tell that a response of trans-1,2-dideuteroethene does not match a reference structure of cis-1,2-dideuteroethene, because the response lacks a D atom in the position specified by the reference structure.





I should note that we do not see this bug in 3D stereochemistry; that is, cis-1,2-dideuterocyclohexane and trans-1,2-dideuterocyclohexane are not matched to one another by ACE.

Hi Bob,





You are right, it should not match. We will check that issue.





All the best,


Szabolcs

Bob,





I fixed the bug, and both next JChem releases (minor: 3.0.12 and major 3.1) will contain the fix.





Thank you for reporting this.





All the best,


Szabolcs

Szabolcs wrote:

I fixed the bug, and both next JChem releases (minor: 3.0.12 and major 3.1) will contain the fix.

Thanks. When can we expect these releases (days, weeks, months, ...)?

Hi Bob,





JChem 3.0.12 is coming out this week, version 3.1 is expected in 1-2 months.





Best regards,





Szilard