Matching problems

User 870ab5b546

19-10-2004 19:43:23

In an EPOCH question, students were required to submit an answer that matched this set of four compounds:





Code:
<?xml version="1.0"?>


<MDocument>


  <MChemicalStruct>


    <molecule molID="m1">


      <atomArray


          atomID="a1 a2 a3 a4 a5 a6 a7 a8 a9 a10 a11 a12 a13 a14 a15 a16 a17 a18 a19 a20 a21 a22 a23 a24 a25 a26 a27 a28"


          elementType="C C C Br C C C C Br C C C C Br C C C C Br C C Cl C Cl C Cl C Cl"


          x2="-8.166666666666668 -6.832933333333334 -6.832933333333334 -5.499386666666667 -1.8254133333333336 -0.49186666666666673 0.8418666666666668 0.8418666666666668 2.1754133333333336 -5.617173333333334 -4.283440000000001 -2.949706666666667 -2.949706666666667 -1.6163466666666668 1.5579200000000002 2.891466666666667 4.225200000000001 4.225200000000001 5.558746666666668 -9.5004 -8.166666666666668 -8.166666666666668 -0.49186666666666673 -0.49186666666666673 -4.283440000000001 -4.283440000000001 2.891466666666667 2.891466666666667"


          y2="2.1349066666666667 2.904906666666667 4.445093333333334 2.1349066666666667 4.386666666666668 2.076666666666667 2.8466666666666667 4.386666666666668 2.076666666666667 -1.2715733333333337 -3.5817600000000005 -2.8117600000000005 -1.2715733333333337 -3.5817600000000005 -1.2133333333333336 -3.523333333333334 -2.753333333333334 -1.2133333333333336 -3.523333333333334 4.445093333333334 5.215093333333334 6.755093333333334 5.156666666666668 6.696666666666667 -0.5015733333333334 1.0384266666666668 -0.44333333333333336 1.096666666666667"


          />


      <bondArray>


        <bond atomRefs2="a21 a3" order="1" />


        <bond atomRefs2="a1 a2" order="1" />


        <bond atomRefs2="a2 a3" order="1" />


        <bond atomRefs2="a2 a4" order="1">


          <bondStereo>W</bondStereo>


        </bond>


        <bond atomRefs2="a23 a5" order="1" />


        <bond atomRefs2="a23 a8" order="1" />


        <bond atomRefs2="a6 a7" order="1" />


        <bond atomRefs2="a7 a8" order="1" />


        <bond atomRefs2="a7 a9" order="1">


          <bondStereo>H</bondStereo>


        </bond>


        <bond atomRefs2="a25 a10" order="1" />


        <bond atomRefs2="a25 a13" order="1" />


        <bond atomRefs2="a11 a12" order="1" />


        <bond atomRefs2="a12 a13" order="1" />


        <bond atomRefs2="a12 a14" order="1">


          <bondStereo>W</bondStereo>


        </bond>


        <bond atomRefs2="a27 a15" order="1" />


        <bond atomRefs2="a27 a18" order="1" />


        <bond atomRefs2="a16 a17" order="1" />


        <bond atomRefs2="a17 a18" order="1" />


        <bond atomRefs2="a17 a19" order="1">


          <bondStereo>H</bondStereo>


        </bond>


        <bond atomRefs2="a21 a20" order="1" />


        <bond atomRefs2="a21 a22" order="1">


          <bondStereo>W</bondStereo>


        </bond>


        <bond atomRefs2="a23 a24" order="1">


          <bondStereo>W</bondStereo>


        </bond>


        <bond atomRefs2="a25 a26" order="1">


          <bondStereo>H</bondStereo>


        </bond>


        <bond atomRefs2="a27 a28" order="1">


          <bondStereo>H</bondStereo>


        </bond>


      </bondArray>


    </molecule>


  </MChemicalStruct>


</MDocument>








Most student's responses were correctly matched (or not matched) to this answer. However, one student submitted this correct response, and it didn't match the answer:





Code:
<?xml version="1.0"?>


<MDocument>


  <MChemicalStruct>


    <molecule>


      <atomArray


          atomID="a1 a2 a3 a4 a5 a6 a7 a8 a9 a10 a11 a12 a13 a14 a15 a16 a17 a18 a19 a20 a21 a22 a23 a24 a25 a26 a27 a28"


          elementType="C C C C Br C C C C C C C C C C Br C Br C Br C Cl C Cl C Cl C Cl"


          x2="-8.866666666666667 -6.199386666666667 -3.531920000000001 -7.532933333333334 -7.532933333333334 0.5249066666666667 3.192373333333334 5.859653333333334 -8.983333333333334 -6.316053333333334 -3.6485866666666675 0.46666666666666673 3.133946666666667 5.570880000000001 1.8586400000000003 1.8586400000000003 -7.6496 -7.6496 1.8004000000000002 1.8004000000000002 -4.865653333333334 -4.865653333333334 4.526106666666667 4.526106666666667 4.083333333333334 4.083333333333334 -4.982320000000001 -4.982320000000001"


          y2="2.8000000000000003 2.8000000000000003 2.8000000000000003 3.5700000000000007 5.110000000000001 2.6833333333333336 2.6833333333333336 2.6833333333333336 -2.1 -2.1 -2.1 -2.216666666666667 -2.216666666666667 -2.2069600000000005 3.453333333333334 4.993333333333334 -1.3300000000000003 0.21000000000000002 -1.446666666666667 0.09333333333333335 3.5700000000000007 5.110000000000001 3.453333333333334 4.993333333333334 -1.8082400000000003 -0.26824000000000003 -1.3300000000000003 0.21000000000000002"


          />


      <bondArray>


        <bond atomRefs2="a1 a4" order="1" />


        <bond atomRefs2="a4 a2" order="1" />


        <bond atomRefs2="a2 a21" order="1" />


        <bond atomRefs2="a21 a3" order="1" />


        <bond atomRefs2="a4 a5" order="1">


          <bondStereo>W</bondStereo>


        </bond>


        <bond atomRefs2="a6 a15" order="1" />


        <bond atomRefs2="a15 a7" order="1" />


        <bond atomRefs2="a7 a23" order="1" />


        <bond atomRefs2="a23 a8" order="1" />


        <bond atomRefs2="a9 a17" order="1" />


        <bond atomRefs2="a17 a10" order="1" />


        <bond atomRefs2="a10 a27" order="1" />


        <bond atomRefs2="a27 a11" order="1" />


        <bond atomRefs2="a12 a19" order="1" />


        <bond atomRefs2="a19 a13" order="1" />


        <bond atomRefs2="a13 a25" order="1" />


        <bond atomRefs2="a25 a14" order="1" />


        <bond atomRefs2="a15 a16" order="1">


          <bondStereo>H</bondStereo>


        </bond>


        <bond atomRefs2="a17 a18" order="1">


          <bondStereo>W</bondStereo>


        </bond>


        <bond atomRefs2="a19 a20" order="1">


          <bondStereo>H</bondStereo>


        </bond>


        <bond atomRefs2="a21 a22" order="1">


          <bondStereo>H</bondStereo>


        </bond>


        <bond atomRefs2="a23 a24" order="1">


          <bondStereo>H</bondStereo>


        </bond>


        <bond atomRefs2="a25 a26" order="1">


          <bondStereo>W</bondStereo>


        </bond>


        <bond atomRefs2="a27 a28" order="1">


          <bondStereo>W</bondStereo>


        </bond>


      </bondArray>


    </molecule>


  </MChemicalStruct>


</MDocument>








The same behavior was found in another question, too, with four molecules in the file. Any ideas why this particular response doesn't match the answer? I guess there may be a bug in how we process the answers, but we can't identify one....

ChemAxon 43e6884a7a

19-10-2004 20:38:50

Bob,


Please give more information. How do you match the structures. I tested them with jcsearch and there was a match:


Code:
$ jcsearch -t:p bob1.mrv -q bob2.mrv


C[C@@H](Cl)C[C@@H](C)Br.C[C@H](Cl)C[C@H](C)Br.C[C@H](Cl)C[C@@H](C)Br.C[C@@H](Cl)C[C@H](C)Br





http://www.jchem.com/doc/user/Jcsearch.html