Problems with SMILES input

Hi.





I have some problems with cxcalc not recognizing SMILES input. JChem is installed on a Linux Ubuntu system in its current version (5.2).





When I invoke the conformers plugin with





cxcalc conformers -m 1 "CCCC"





I get the following error message:

Code:

Exception in thread "main" chemaxon.formats.MolFormatException: Cannot recognize format (?) Unrecognized file contents:    at chemaxon.formats.recognizer.RecognitionSubsystem.getFormat(RecognitionSubsystem.java:203)    at chemaxon.formats.MolInputStream.initTextFormat(MolInputStream.java:235)    at chemaxon.formats.MolInputStream.init(MolInputStream.java:134)    at chemaxon.formats.MolInputStream.(MolInputStream.java:116)    at chemaxon.formats.MolImporter.init(MolImporter.java:492)    at chemaxon.formats.MolImporter.(MolImporter.java:118)    at chemaxon.marvin.Calculator.run(Calculator.java:1076)    at chemaxon.marvin.Calculator.main(Calculator.java:1659)

Using a file as input also fails:

Code:

Error reading molecule: 1 chemaxon.formats.MolFormatException: Error parsing SMILES string 'CCCC' at character 1 (' ') Exception in thread "main" java.util.concurrent.ExecutionException: chemaxon.formats.MolFormatException: Error parsing SMILES string 'CCCC' at character 1 (' ')    at chemaxon.util.concurrent.marvin.MolInputProducer.setNext(MolInputProducer.java:93)    at chemaxon.util.concurrent.marvin.MolInputProducer.hasNext(MolInputProducer.java:67)    at chemaxon.util.concurrent.marvin.CompositeInputProducer.hasNext(CompositeInputProducer.java:59)    at chemaxon.util.concurrent.processors.SingleThreadedProcessor.hasNext(SingleThreadedProcessor.java:75)    at chemaxon.marvin.Calculator.run(Calculator.java:1132)    at chemaxon.marvin.Calculator.run(Calculator.java:1095)    at chemaxon.marvin.Calculator.main(Calculator.java:1659) Caused by: chemaxon.formats.MolFormatException: Error parsing SMILES string 'CCCC' at character 1 (' ')    at chemaxon.marvin.io.formats.smiles.SmilesImport.readMol0(SmilesImport.java:934)    at chemaxon.marvin.io.formats.smiles.SmilesImport.readMol(SmilesImport.java:534)    at chemaxon.marvin.io.formats.smiles.SmilesImport.readMol(SmilesImport.java:492)    at chemaxon.marvin.io.MRecordImporter.readMol(MRecordImporter.java:535)    at chemaxon.marvin.io.MRecordImporter.readMol(MRecordImporter.java:501)    at chemaxon.marvin.io.MRecordImporter.readMol0(MRecordImporter.java:387)    at chemaxon.marvin.io.MRecordImporter.readMol(MRecordImporter.java:369)    at chemaxon.formats.MolImporter.readMol(MolImporter.java:789)    at chemaxon.formats.MolImporter.read(MolImporter.java:680)    at chemaxon.formats.MolImporter.read(MolImporter.java:647)    at chemaxon.marvin.Calculator$CalculatorMolInputProducer.readMol(Calculator.java:140)    at chemaxon.marvin.Calculator$CalculatorMolInputProducer.read(Calculator.java:133)    at chemaxon.util.concurrent.marvin.MolInputProducer.setNext(MolInputProducer.java:87)    ...6 more

Do you have any clue on this?





Regards, Ingo

Hi,





I can not reproduce the error. I get the correct output:

Code:

$ cxcalc conformers -m 1 "CCCC"   Marvin  04030914213D               4.63617  14 13  0  0  0  0            999 V2000     2.6598    1.2082   -2.0943 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     1.3058    0.8361   -1.4493 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     1.4691    0.0644   -0.1122 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     0.1158   -0.3077    0.5330 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     3.2368    1.8471   -1.4223 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     2.4913    1.7477   -3.0291 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     3.2365    0.3065   -2.3115 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     0.7415    0.2226   -2.1567 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     0.7418    1.7557   -1.2718 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     2.0344    0.6786    0.5944 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     2.0341   -0.8549   -0.2906 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     0.2857   -0.8469    1.4671 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -0.4605   -0.9468   -0.1383 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -0.4602    0.5934    0.7507 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0   1  2  1  0  0  0  0   2  3  1  0  0  0  0   3  4  1  0  0  0  0   1  5  1  0  0  0  0   1  6  1  0  0  0  0   1  7  1  0  0  0  0   2  8  1  0  0  0  0   2  9  1  0  0  0  0   3 10  1  0  0  0  0   3 11  1  0  0  0  0   4 12  1  0  0  0  0   4 13  1  0  0  0  0   4 14  1  0  0  0  0 M  END >  <_MOLCOUNT> 1 $$$$

I tested on Arch Linux, not on Ubuntu, but it should not make any difference.





Please post the output of this command:

Code:

java -version

It should be something like this:

Code:

$ java -version java version "1.6.0_11" Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_11-b03) Java HotSpot(TM) Client VM (build 11.0-b16, mixed mode)

Zsolt

Hi,





the Java version is

Code:

java version "1.5.0" gij (GNU libgcj) version 4.3.2

I reinstalled the application an got the same error.





However, the installation on my Windows PC produces the correct result.














Ingo

Hi,





Marvin supports only Sun distributed Java. On Mac platform (where Sun Java is not available), it supports Apple's Mac OS X built-in Java that is compatible with Sun's distribution. For more see Marvin Applications System Requirements.





Please install Sun distributed Java on your computer with Ubuntu Linux.





Zsolt

Hi again,





checking the Java version was the right idea. Using the SUN implementation fixed the problem.





cxcalc is now properly working.








Thanks, Ingo