same structure but LOGP different : why?

Two same structure give 2 different LOGP :








Structure 1 : LOGP=3.15


-ISIS- 02100513522D





17 19 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000


1.2208 -1.1542 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


2.0458 -1.1542 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


2.3026 -0.3701 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


1.6333 0.1167 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


0.9683 -0.3701 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


3.0838 -0.1148 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


3.6960 -0.6695 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


4.4804 -0.4162 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


4.6537 0.3913 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


4.0364 0.9451 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


3.2544 0.6889 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


0.1857 -0.1181 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


0.0149 0.6902 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


-0.7689 0.9449 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


-1.3828 0.3923 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


-1.2074 -0.4182 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


-0.4237 -0.6691 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


8 9 2 0 0 0 0


4 5 1 0 0 0 0


9 10 1 0 0 0 0


5 1 2 0 0 0 0


10 11 2 0 0 0 0


11 6 1 0 0 0 0


3 6 1 0 0 0 0


1 2 1 0 0 0 0


12 13 2 0 0 0 0


6 7 2 0 0 0 0


13 14 1 0 0 0 0


2 3 2 0 0 0 0


14 15 2 0 0 0 0


7 8 1 0 0 0 0


15 16 1 0 0 0 0


3 4 1 0 0 0 0


16 17 2 0 0 0 0


17 12 1 0 0 0 0


5 12 1 0 0 0 0


M END





$$$$





---------------------------------------








Structure 2 :LOGP=3.7








-ISIS- 02100513522D





17 19 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000


3.1166 -0.9875 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


3.9416 -0.9084 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


4.1151 -0.1076 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


3.4125 0.3167 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


2.7849 -0.2326 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


1.9960 -0.0196 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


4.8917 0.1838 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


1.7858 0.7693 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


0.9852 0.9824 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


0.4172 0.4131 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


0.6301 -0.3849 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


1.4180 -0.5983 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


5.5294 -0.3403 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


6.3012 -0.0537 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


6.4412 0.7705 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


5.8030 1.2951 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


5.0294 1.0014 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0


3 4 1 0 0 0 0


8 9 1 0 0 0 0


4 5 2 0 0 0 0


9 10 2 0 0 0 0


5 1 1 0 0 0 0


10 11 1 0 0 0 0


1 2 1 0 0 0 0


11 12 2 0 0 0 0


12 6 1 0 0 0 0


5 6 1 0 0 0 0


7 13 2 0 0 0 0


13 14 1 0 0 0 0


3 7 1 0 0 0 0


14 15 2 0 0 0 0


2 3 2 0 0 0 0


15 16 1 0 0 0 0


6 8 2 0 0 0 0


16 17 2 0 0 0 0


17 7 1 0 0 0 0


M END


$$$$

Dear Tranh-Minh,








These two structures are different, they are tautomers of each others.

And for this structure :





structure A :LOGP=2.29

Code:

Marvin  06060311382D  16 17  0  0  0  0            999 V2000     1.5136   -2.6656    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     1.5125   -3.4949    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     2.2149   -3.9048    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     2.2131   -2.2517    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     2.9139   -2.6615    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     2.9169   -3.4908    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     3.6356   -3.9012    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     4.3516   -3.4832    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     4.3446   -2.6506    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     3.6255   -2.2441    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     5.0445   -2.2438    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     5.7446   -2.6451    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     6.4448   -2.2397    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     5.7464   -3.4558    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     0.8096   -2.2634    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     0.8096   -1.4384    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0   1  2  2  0  0  0  0   7  8  2  0  0  0  0   5  4  2  0  0  0  0   8  9  1  0  0  0  0   4  1  1  0  0  0  0   9 10  2  0  0  0  0  10  5  1  0  0  0  0   9 11  1  0  0  0  0   2  3  1  0  0  0  0  11 12  1  0  0  0  0   5  6  1  0  0  0  0  12 13  1  0  0  0  0   3  6  2  0  0  0  0  12 14  2  0  0  0  0   6  7  1  0  0  0  0   1 15  1  0  0  0  0  15 16  1  0  0  0  0 M  END

Structure B : LOGP=2.3

Code:

-ISIS-  02180515102D  16 17  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000     4.7000   -5.4500    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     7.5542   -5.4542    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     5.4167   -5.0375    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     6.8417   -5.0417    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     6.1292   -5.4542    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     4.6917   -6.2750    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     3.9875   -5.0375    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     7.5542   -6.2792    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     5.4042   -6.6875    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     3.9875   -6.6875    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     3.2750   -5.4500    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     6.1250   -6.2792    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     3.2750   -6.2750    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     2.5542   -5.0292    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     8.2750   -5.0500    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     1.8417   -5.4417    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0   2  4  1  0  0  0  0   3  1  1  0  0  0  0   4  5  1  0  0  0  0   5  3  2  0  0  0  0   6  1  1  0  0  0  0   7  1  2  0  0  0  0   8  2  2  0  0  0  0   9  6  1  0  0  0  0  10  6  2  0  0  0  0  11  7  1  0  0  0  0  12  9  2  0  0  0  0  13 11  2  0  0  0  0  14 11  1  0  0  0  0  15  2  1  0  0  0  0  16 14  1  0  0  0  0  13 10  1  0  0  0  0   5 12  1  0  0  0  0 M  END

The same structure but LOGP different?


why?

Dear Tranh-Minh,








It seems to be a numerical truncation error.


If you set calculation's precision for 3 (or larger) then logP of structure 'A' and 'B' will be the same.





If I know well alpha release will be in a couple of day. May be we can fix this bug by then.





Thanks for reporting this bug.





Jozsi

with cxcalc command , how to set calculation's precision for 3 ?





cxcalc titi.sdf logp ...

Dear Tranh-Minh,





cxcalc titi.sdf logp -p 3 (this means 3 digits precision)








(cxcalc titi.sdf logp -h, this is the help of the logp commands)








Jozsi