Abbreviated (superatom) groups conversion to R-groups

Dear support,

Is it possible to convert abbreviated (superatom) groups to R-groups in batch using Structure checker or Standardizer, or any other ChemAxon tool?

An example:

  Mrv0540 02071112212D         

  6  6  0  0  0  0            999 V2000
    3.1325   -0.4191    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.3748    0.3719    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.2027    0.3828    0.0000 S   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.8069   -0.8936    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.4680   -0.3935    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.2549   -0.6401    0.0000 *   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  6  5  1  0  0  0  0
  3  5  1  0  0  0  0
  2  1  2  0  0  0  0
  3  2  1  0  0  0  0
  4  1  1  0  0  0  0
  5  4  2  0  0  0  0
M  STY  1   1 SUP
M  SAL   1  1   6
M  SBL   1  1   1
M  SMT   1 R1
M  END

convert to:

  Mrv0540 02071113002D         

  6  6  0  0  0  0            999 V2000
    3.1289   -0.4186    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.3709    0.3715    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.1978    0.3824    0.0000 S   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.8025   -0.8926    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.4628   -0.3930    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.2501   -0.6398    0.0000 R#  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  6  5  1  0  0  0  0
  3  5  1  0  0  0  0
  2  1  2  0  0  0  0
  3  2  1  0  0  0  0
  4  1  1  0  0  0  0
  5  4  2  0  0  0  0
M  RGP  1   6   1
M  END

Thanks a lot for your help!

Kind regards,

Anna

We do the opposite -- replace a generic R group with a specific shortcut group -- with a Java method that we wrote. Basically, you import your MOL code into a Java Molecule.  You find each MolAtom in the Molecule that is a SuperatomSgroup, find the atom to which it is attached, remove the SuperatomSgroup, create a new atom with the atomic number RGROUP, set its ID number, add it to the molecule, and create a new bond between it and the atom to which the SuperatomSgroup used to be attached.

We have no such action at the moment, but the R-group decomposition tool might be interesting. And as Bob correctly said, with the help of our API it is certainly possible to write a small program to do the conversion if you like coding.

Why is it good to convert abbreviated groups to R-groups?