Include SMILES string as a property field in the SDFile

QUESTION (one of our users asked):





I also would like to include SMILES string as a property field in the SDFile when I convert a table of SMILES into a SDFile. My input file has two columns: SMILES string and name.





Input file example:

Code:

C       Methane CC      Ethane CCC     Propane CCCC    Butane

ANSWER:





First you have to copy the SMILES strings into a new column.





Modified input file (alkanes.txt):

Code:

C       Methane     C CC      Ethane      CC CCC     Propane     CCC CCCC    Butane      CCCC

Note: Use tabulators to separate columns. Otherwise, if spaces are used molconvert recognizes rows as two strings (example: "C" + "Methane C" ).





Then run molconvert with the following options:

Code:

molconvert sdf "alkanes.txt{fname,fID}" > mols.sdf

The output file (mols.sdf):

Code:

Marvin  03220615312D            1  0  0  0  0  0            999 V2000     0.0000    0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0 M  END >  <name> Methane >  <ID> C $$$$   Marvin  03220615312D            2  1  0  0  0  0            999 V2000     0.0000    0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     0.8250    0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0   1  2  1  0  0  0  0 M  END >  <name> Ethane >  <ID> CC $$$$   Marvin  03220615312D            3  2  0  0  0  0            999 V2000     0.7145    0.1375    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     0.0000   -0.2750    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -0.7145    0.1375    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0   1  2  1  0  0  0  0   2  3  1  0  0  0  0 M  END >  <name> Propane >  <ID> CCC $$$$   Marvin  03220615312D            4  3  0  0  0  0            999 V2000     1.0717    0.2063    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0     0.3572   -0.2063    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -0.3572    0.2063    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    -1.0717   -0.2063    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0   1  2  1  0  0  0  0   2  3  1  0  0  0  0   3  4  1  0  0  0  0 M  END >  <name> Butane >  <ID> CCCC $$$$

The output file contains the names as a property field named "name" and the SMILES strings as a property field named "ID".