minor Marvin 4.0.6 bug - ChemAxon Forum Archive

User 870ab5b546

18-06-2006 02:57:14

Consider this structure:

Code:

<?xml version="1.0" ?>

<MDocument>

<MChemicalStruct>

<molecule molID="m1">

<atomArray>

<atom id="a1" elementType="C"

x2="-1.1666666666666667" y2="3.0333333333333337" />

<atom id="a2" elementType="O"

x2="0.16706666666666667" y2="3.803333333333334" />

<atom id="a3" elementType="C"

x2="-1.1666666666666667" y2="-3.1266666666666674" />

<atom id="a4" elementType="O"

x2="0.3733333333333334" y2="-3.1266666666666674" />

<atom id="a5" elementType="O"

x2="0.3733333333333334" y2="-0.046666666666666676" />

<atom id="a6" elementType="O"

x2="0.3733333333333334" y2="-1.586666666666667" />

<atom id="a7" elementType="C"

x2="-1.1666666666666667" y2="1.4933333333333336" />

<atom id="a8" elementType="C"

x2="-1.1666666666666667" y2="-0.046666666666666676" />

<atom id="a9" elementType="H"

x2="-2.706666666666667" y2="-0.046666666666666676" />

<atom id="a10" elementType="C"

x2="-1.1666666666666667" y2="-1.586666666666667" />

<atom id="a11" elementType="H"

x2="-2.706666666666667" y2="-1.586666666666667" />

<atom id="a12" elementType="O"

x2="0.3733333333333333" y2="1.4933333333333336" />

<atom id="a13" elementType="H"

x2="-2.706666666666667" y2="1.4933333333333336" />

</atomArray>

<bondArray>

<bond atomRefs2="a1 a7" order="1" />

<bond atomRefs2="a7 a8" order="1" />

<bond atomRefs2="a8 a10" order="1" />

<bond atomRefs2="a10 a3" order="1" />

<bond atomRefs2="a1 a2" order="2" />

<bond atomRefs2="a3 a4" order="1" />

<bond atomRefs2="a7 a13" order="1">

<bondStereo>W</bondStereo>

</bond>

<bond atomRefs2="a8 a5" order="1">

<bondStereo>W</bondStereo>

</bond>

<bond atomRefs2="a10 a6" order="1">

<bondStereo>W</bondStereo>

</bond>

<bond atomRefs2="a7 a12" order="1">

<bondStereo>W</bondStereo>

</bond>

<bond atomRefs2="a8 a9" order="1">

<bondStereo>W</bondStereo>

</bond>

<bond atomRefs2="a10 a11" order="1">

<bondStereo>W</bondStereo>

</bond>

</bondArray>

</molecule>

</MChemicalStruct>

</MDocument>

Click on the top right bold wedge twice with the bond tool to convert it to a double bond (you'll get a C valence error). Now delete the H to correct the valence error, and watch all the other stereobonds disappear.